Há 35 anos, em maio de 1986, era aprovada na Assembleia Legislativa de Goiás, por unanimidade, a Lei Estadual nº 10.018, de 22 de maio de 1986, que criava a Universidade Estadual de Anápolis. A Universidade só seria regulamentada quase quatro anos depois pelo então governador Henrique Santillo, por meio do Decreto Estadual nº 3.355, de 9 de fevereiro de 1990.

O decreto instituiu em 1990 a Fundação Universidade Estadual de Anápolis, com subordinação direta ao Governador do Estado, tendo por objetivo a instalação e manutenção da Universidade Estadual de Anápolis, passando a dela fazer parte a então Faculdade de Ciências Econômicas de Anápolis. De início a Universidade Estadual de Anápolis passaria a contar com todos os bens pertencentes à Faculdade de Ciências Econômicas de Anápolis e outros três imóveis situados em Anápolis, pertencentes ao Estado de Goiás.

A então Universidade Estadual de Anápolis seria incorporada, em 1999, à criação da Universidade Estadual de Goiás (UEG), por meio do Decreto Estadual nº 5.112, de 27 de agosto de 1999.