O Tribunal de Justiça determinou que fosse instituída Comissão Parlamentar de Inquérito com o objetivo de investigar se os repasses para o setor, que a Constituição fixa em 12% dos recursos, estão sendo cumpridos pelo Governo. 

Até o momento foram indicados para a CPI da Saúde, Adriete Elias (PMDB) e Mauro Rubem (PT). É aguardada as indicações dos partidos da base aliada, o que, segundo o líder do Governo, Helder Valin (PSDB), acontecerá na próxima sessão ordinária a ser realizada. 

Segundo o procurador da Assembléia, Murilo Teixeira, o prazo para a instalação da CPI da Saúde só começa a ser contado a partir de sua criação, quando serão conhecidos todos os nomes dos membros que a comporão. A partir da criação a CPI, tem-se o prazo de dez sessões legislativas para que seja instalada.  

O ato de instalação é realizado pelos próprios membros da Comissão e só a partir dele é que se pode iniciar os trabalhos e a escolha do presidente e do relator da mesma. Do ato de instalação, a CPI terá o prazo de 120 dias, prorrogável por mais 60, para concluir seus trabalhos.